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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Stratégies infectieuses des Xanthomonas

Matthieu Arlat, Professeur PRCE, Université Toulouse 3

MA

Matthieu Arlat a effectué sa thèse au LIPM dans l’équipe de Christian Boucher. Il a participé à la caractérisation du cluster de gènes hrp codant pour un système de sécrétion de type III (SST3) de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum. Il a ensuite réalisé un séjour postdoctoral dans le groupe de Mike Daniels au Sainsbury Laboratory à Norwich (Royame Uni). Il a alors identifié et caractérisé le système hrp de Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) démontrant ainsi que les SST3 étaient conservés chez R. solanacearum et Xcc. Il a été recruté en qualité de chargé de recherche à l’INRA en 1992. De retour dans le groupe de C. Boucher, il a identifié la protéine PopA, l’un des premiers effecteurs de SST3 caractérisé chez les bactéries phytopathogènes. Il a aussi identifié PrhA, un récepteur TonB-dépendant (TBDT), impliqué dans la perception de signaux végétaux non diffusibles et requis pour l’induction des gènes hrp de R. solanacearum. En 2003, il a été nommé professeur à l’Université Paul Sabatier Toulouse 3. Sa recherche s’est alors centrée sur les SST3 et l’adaptation métabolique des Xanthomonas. Il étudie en particulier le rôle des TBDT dans la capture de composés végétaux et l’évolution de ces transporteurs dans le monde bactérien.

Publications

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Corinne Audran , CRCN, INRA

CA

Corinne a travaillé sur développement de la graine ainsi que sur la régulation de la biosynthèse de l’acide abscissique lors de sa thèse et de son post-doctorat à l’INRA de Versailles. Elle a ensuite été recrutée comme chargée de recherche INRA au laboratoire GBF (Génomique et Biotechnologie des Fruits) en 2001. Ses travaux ont porté sur le décryptage du rôle d’une famille de répresseurs de la voie de signalisation auxinique (les Aux/IAA) au cours du développement des fruits de tomate. Corinne a rejoint le LIPM en 2015 pour travailler sur l’élucidation des rôles de régulateurs de défense exprimés au cours du développement de la graine d’Arabidopsis thaliana.

Corinne nous a rejoint à l’automne 2018 pour analyser le rôle des effecteurs TAL de Xanthomonas campestris à la sensibilité des Brassicacées à la nervation noire.

Publications

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Noe Arroyo Velez, PhD student

Matthieu Arlat

Noe a obtenu son Master de Génétique et biologie moléculaire au "center for research and advanced studies (Cinvestav)" à Mexico City où il a étudié le dégradosome ARN chez E. coli.

Il a commencé sa thèse en septembre 2018 pour identifier les cibles des effecteurs de type III de Xanthomonas pour découvrir comment l'effectome du pathogène manipule l'immunité et la physiologie de la plante.

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David Belhaddad, Ingenieur

DBsmall

David a rejoint l'équipe en mars 2018 pour une durée de 2 ans pour contribuer au projet ANR PAPTiCROPs cherchant a inactiver biotechnologiquement les effecteurs bacteriens de Xanthomonas ou Ralstonia in planta.

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Caroline Bellenot, Thèse, Université Toulouse 3

CB

Diplomée d'un Master 2 de Biologie végétale (parcours "gestion de la santé des plantes) de l'université d'Angers, Caroline a effectué son stage de fin d'étude dans l'équipe SIX où ell a étudié la contribution des effecteurs TAL de Xanthomonas campestris à la sensibilité des Bassicacées à la nervation noire.

En Janvier 2019, elle a débuté sa thèse sur l'étude des bases génétiques et moléculaires de l'immunité des hydathodes et du système vasculaire en réponse à l'infection par Xanthomonas.

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Alice Boulanger, Maître de conférence, Université Toulouse 3

AB

Tout au long de son parcours, Alice Boulanger a étudié, à différents niveaux, les interactions hôtes-pathogènes et la régulation de la virulence.

Durant sa thèse au LIPM dans l’équipe de Matthieu Arlat, son travail s’est concentré sur l’étude de l’adaptation de Xanthomonas campestris pathovar campestris (Xcc) à la plante et elle a participé à la caractérisation d’une nouvelle voie d’utilisation du N-acétylglucosamine (GlcNAc) chez Xcc. Elle a ensuite rejoint l’équipe du Dr. Deborah Hinton au National Institute of Health (NIH, Bethesda, Etats-Unis) où elle a participé à la caractérisation, au niveau moléculaire, des mécanismes d’initiation de la transcription des gènes de virulence de Bordetella pertussis, pathogène responsable de la coqueluche. En 2013, elle a rejoint l’équipe du Dr Mireille Ansaldi au Laboratoire de Chimie Bactérienne (UMR7283, Marseille) afin d’étudier la régulation du maintien de prophages par des régulateurs globaux de l’hôte chez les bactéries entéropathogènes.

Alice a rejoint l’équipe en tant que Maitre de conférences de l’université Paul Sabatier (UT3) en septembre 2015 et participera au développement de projets d’études transcriptomiques au cours du cycle infectieux et de caractérisation de la mise en place de programmes génétiques spécifiques de l’infection.

Publications

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Manuel Gonzalez Fuente, Thèse, Université Toulouse 3

MGF

Manuel a obtenu son Master en "Agricultural Genomics" à l'université Christian Albrechts de Kiel (Allemagne) où il a étudié les réponses de Arabidopsis et du colza à l'infection par Verticillium longisporum au niveau des microARN.

Il a débuté sa thèse au LIPM en Janvier 2017 où il étudie la conservation évolutive des cibles végétales des effecteurs  de Ralstonia et Xanthomonas en collaboration avec le groupe "Pouvoir pathogène de Ralstonia et adaptation à son environnement".

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Carine Gris, Assistante Ingénieur, CNRS

Carine Gris

Carine a rejoint le Laboratoire des Interactions Micro Organismes à Toulouse en 1998 après quinze années passées à l’Institut Pasteur de Paris. Elle a travaillé dans le groupe de C. Masson sur un projet d’évolution expérimentale qui vise à convertir une bactérie non symbiotique Ralstonia solanacearum en symbiote de légumineuse jusqu'en aout 2016.

Carine nous a rejoint en Septembre 2016 pour affiner les mesures du pouvoir pathogène de Xanthomonas.

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Emmanuelle Lauber, CRCN, CNRS

EL

Durant sa thèse à l’IBMP de Strasbourg, Emmanuelle Lauber a étudié le mouvement de cellule à cellule et à longue distance du virus des nervures jaunes et nécrotiques de la betterave au cours de l’infection de la plante. Elle a ensuite étudié le premier transfert de brin au cours de la réplication de l’ARN génomique du HIV à l’IBMC de Strasbourg. En 2010, Emmanuelle a rejoint le groupe de Frans de Bruijn au LIPM en tant que chercheur permanent du CNRS et a participé au développement des macro- et micro-arrays chez Sinorhizobium meliloti. En 2003, elle a rejoint le groupe de Matthieu Arlat où elle est impliquée dans l’étude de l’adaptation métabolique de Xanthomonas durant l’infection. Sa recherche est ciblée sur le rôle des transporteurs TonB-dépendants dans la capture des carbohydrates.

Publications

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Julien Luneau, Thèse, Université Toulouse 3

Carine Gris

Diplômé d’une école d’Ingénieur Agronome (Agrocampus Ouest Rennes) et titulaire d’un Master 2 en biologie végétale et phytopathologie (Université d’Angers), Julien a débuté sa thèse au LIPM en Octobre 2017 avec pour objectif l’identification des gènes impliqués dans l’adaptation de la bactérie pathogène Xanthomonas campestris pv. campestris aux différents environnements rencontrés lors de son cycle infectieux chez le chou.

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Laurent Noël, DR2, CNRS, responsable du groupe

LNL2

Biologiste moléculaire et généticien de formation (ENS Lyon), Laurent Noël a participé au clonage positionnel du gène de Résistance Bs3 chez le poivron  (Bonas lab, CNRS, Gif/Yvette, France, Master ) et à l'analyse de l'évolution des gènes de résistance chez Arabidopsis (J. Jones lab, Sainsbury lab, Norwich GB, service civil de la coopération). Il a ensuite étudié la contribution des protéines chaperons/cochaperon à l'immunité végétale (Parker lab, Max Planck Institute, Cologne, Allemagne, Post-doc) et dans la signalisation auxinique et la tolérance aux stress abiotiques (Nussaume’s lab, CEA, Cadarache, CR2 CNRS). Auparavant, son travail de thèse concernait l'identification du régulon hrp chez Xanthomonas (Bonas lab, Martin-luther university, Halle/Saale, Allemagne) et a conduit à l'identification de nouveaux effecteurs de type III appelés Xop (Xanthomonas outer proteins). Depuis 2008, il a rejoint le LIPM pour étudier la contribution des Xop au pouvoir pathogène des Xanthomonas et identifier leurs cibles végétales. Il explore également la diversité génétique des Xanthomonas par génomique et transcriptomique pour développer des approches de génétique d'association.

Publications Xantho/Arabidopsis

ResearcherIDORCID

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Jean-Marc Routaboul, IR1, INRA

JMR

Après un doctorat en Biologie Végétale obtenu à l’Université de Grenoble en 1991, Jean-Marc Routaboul a majoritairement travaillé sur la plante modèle, Arabidopsis, en combinant des approches de génomique fonctionnelle, métabolomique et génétique quantitative. Un premier centre d’intérêt dans ses recherches a été l’étude des lipides végétaux. Après un court passage dans l’équipe de T.Moore à l’Université de Louisiane, il a rejoint en 1994 le groupe de J. Browse à Washington State University pour comprendre le rôle des acides gras polyinsaturés dans la résistance de la plante au froid et à la chaleur. En 1997, Il a commencé un nouveau projet dans le groupe de C. Benning à l’IGF de Berlin, projet qu’il poursuivra à l’INRA de Versailles dans l’équipe de l. Lepiniec de 1998 à 2001 où il a été parmi les premiers à cloner un gène essentiel pour la synthèse des huiles (et des graisses), la DAGAT. Il a été recruté à L’INRA en 2003 en tant qu’ingénieur de recherche au sein du groupe de L. Lepiniec à Versailles. Il a développé au sein de ce groupe des approches de métabolomique et génétique quantitative pour caractériser les flavonoïdes qui s’accumulent dans la graine et les bases génétiques de leur variabilité. En 2012, il a rejoint l’INRA de Toulouse pour s’intéresser au mécanismes moléculaires qui contrôlent la formation de la chair du fruit de tomate au laboratoire de Génomique et Biologie du Fruit. Depuis 2018, il s’intéresse de nouveau aux Brassicacées (Arabidopsis et choux), en cherchant à comprendre le rôle des hydathodes dans l’immunité de la plante. En effet, les hydathodes sont des organes situés à la périphérie des feuilles et constituent les points d’entrée pour la bactérie pathogène Xanthomonas campestris.

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