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Dernière mise à jour : Mai 2018

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Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes - LIPM

Laboratoire des Interactions Plantes-Microorganismes

Membres - Pouvoir pathogène de Ralstonia et adaptation à son environnement

Dr Stephane Genin, HDR, DR1 CNRS

Stéphane GENIN

Après un cursus en Génétique à l'Université de Lyon, j'ai obtenu un doctorat de l'Université Paris XI-Orsay en 1993. J'ai ensuite réalisé un stage post-doctoral de deux ans au Département de Génétique de l'Université de Munich dans le laboratoire du Prof. Regine Kahmann. Je suis arrivé au LIPM en 1989 où j'ai travaillé avec Christian Boucher sur plusieurs aspects du pouvoir pathogène de Ralstonia solanacearum. J'ai été recruté au CNRS en 1995 et je dirige le groupe de recherche sur R. solanacearum depuis 2005.

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Dr Nemo Peeters, HDR, DR2 INRA

Nemo Peeters

Après des études de biologie à Montpellier, J’ai obtenu une thèse en Physiologie cellulaire et moléculaire de la cellule végétale de l’Université de Paris XI, Orsay, sous l’encadrement de Ian Small, à l’INRA de Versailles. J’ai ensuite effectue un postdoc à l’Université de Cornell, Ithaca, NY sous la responsabilité de Prof. Maureen Hanson ou j’ai étudié l’édition des ARNm des organelles des plantes. En 2002, j’ai été recruté dans l’équipe de Stéphane Genin ou depuis lors j’étudie la contribution des effecteurs de type III, au pouvoir pathogène de la bactérie Ralstonia solanacearum. J'ai obtenu mon HDR en 2007 et je suis Directeur de Recherche à l’INRA depuis décembre 2015.

 Mes publications via ORCID

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Dr Fabienne vailleau, HDR, Associate Professor ENSAT

Fabienne VAILLEAU

Fabienne a fait sa thèse à l’Université de Toulouse, au LIPM dans le groupe de Dominique Roby, sur le pathosystème Arabidopsis thaliana/Xanthomonas campestris pv. campestris. Elle a démontré qu’AtMYB30 était un régulateur positif de la Réponse Hypersensible et a mis en lumière l’importance d’une voie lipidique (la voie de biosynthèse des acides gras à longue chaine) dans la résistance des plantes. Elle a ensuite réalisé un post-doctorat à l’INP-ENSAT, où elle a mis au point le pathosystème Medicago truncatula/Ralstonia solanacearum. Puis, elle a été recrutée dans le groupe de Michel Petitprez à l’INP-ENSAT en tant que Maître de Conférences, où elle a poursuivi ses recherches dans le domaine des interactions plantes-bactéries, en donnant en parallèle des enseignements à l’ENSAT en Pathologie Végétale et Malherbologie. Depuis 2008 elle est la Directrice du Département Biosciences Végétales de l’INP-ENSAT, et est responsable de la spécialisation de 3ème année “AgroBioSciences Végétales (DAA ABSV, ENSAT. En 2008, Fabienne a rejoint le groupe de Stéphane Genin et Christian Boucher pour focaliser ses recherches sur les mécanismes post-traductionnels requis pour la mise en place du pouvoir pathogène chez la bactérie Ralstonia solanacearum.

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Dr Alice Guidot, CRCN INRA

Alice GUIDOT

Après un cursus de biologie à l’Université Lyon 1, j’ai passé ma thèse dans le Laboratoire d’Ecologie Microbienne de Lyon où j’ai étudié la génétique des populations du champignon ectomycorhizien Hebeloma cylindrosporum. En 2001-2003, j’ai fait un premier post-doc sur la génétique des populations de champignons dans le Laboratoire de Mycologie et Pathologie Forestière à l’Université d’Uppsala en Suède. En 2004-2007, j’ai fait un deuxième post-doc au CIRAD de l’île de la Réunion où j’ai étudié le rôle des transferts horizontaux de gènes dans l’évolution de la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum. En 2008, j’ai rejoint le groupe de Stéphane Genin pour développer un projet d’évolution expérimentale avec R. solanacearum. L’objectif principal de ce projet était d’identifier les bases moléculaires de l’adaptation aux plantes. L’analyse génomique des clones évolués expérimentalement et montrant des traits adaptatifs sur plante m’a permis d’identifier un gène régulateur essentiel à la fitness de la bactérie in planta. Aujourd’hui, j’encadre deux étudiants en thèse, Anthony Perrier, qui travaille sur la caractérisation fonctionnelle de ce gène et Rekha Gopalan Nair, qui travaille sur l’importance des modifications épigénétiques dans les génomes bactériens pour l’adaptation à l’hôte.

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Dr Caroline Baroukh, CRCN INRA

Caroline Baroukh

Après l’obtention d’un diplôme de l’Ecole Centrale de Lyon et d’un MSc de l’Imperial College de Londres en 2010, j’ai effectué ma thèse au Laboratoire de Biotechnologie de l’Environnement à Narbonne (INRA). Mon sujet consistait à développer une nouvelle approche de modélisation métabolique afin de comprendre le métabolisme de microalgues soumises à différents régimes trophiques. J’ai ensuite effectué un postdoctorat au laboratoire de Physiologie et Biotechnologie des Algues (IFREMER) où j’ai reconstruit le réseau métabolique cœur de Tisochrysis lutea ainsi que mené des expérimentations qui ont permis de vérifier les prédictions de mes modèles de thèse. J’ai également effectué un postdoctorat dans l’équipe du Pr Chachuat au département d’ingénierie chimique de l’Imperial College de Londres, où j’ai développé de nouvelles approches de modélisation reposant sur les outils d’optimisation mathématique. En 2016, j’ai rejoint le groupe APAR pour développer et mettre en œuvre des approches de biologie des systèmes visant à étudier finement le lien étroit entre métabolisme et virulence, et d’entamer une modélisation de la dynamique infectieuse du pathogène.

Sur un plan non-professionnel, un de mes passe-temps préféré est la tenue d’un blog de cuisine et de pâtisserie.

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Xavier Barlet, IEHC  CNRS

XB_BW

Après un Master en biologie végétale de l’ Université Denis Diderot – Paris 7 en 1997, j’ai travaillé deux ans sur les interactions plantes oomycètes (Hyaloperonospora arabidopsidis) à l'INRA d'Antibes sous la direction de H. Keller. J’ai ensuite été recruté au CNRS en 2001 sur une plate-forme de génomique humaine à Villejuif avant de rejoindre le LIPM en 2005 pour travailler sur la sensibilité des plantes à Ralstonia solanacearum. J’ai participé à différents programme d’analyses de  microarrays et à la caractérisation de mutants présentant une tolérance accrue à Rs. J’ai intégré l’équipe de Stéphane Genin en juillet 2014. Je suis responsable des installations de quarantaine (NSB2) pour la manipulation de Rs au LIPM.

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ORCID

Patrick Barberis, Technicien INRA

Patrick BARBERIS

Patrick à été recruté à l'Institut National de la Recherche Agronomique (INRA) en 1982. Il a depuis été impliqué dans plusieurs projets de recherche sur les déterminants moléculaires du pouvoir pathogène de R. solanacearum. Il participe actuellement au projet Effecteurs, plus spécifiquement sur la génération et la caractérisation de mutants.

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Rekha Gopalan-Nair, Thèse TULIP, école doctorale SEVAB 2017-2020

Rekha Gopalan Nair

I did my Master's in Molecular Biology at the University of Skӧvde, Sweden (2016). I joined LIPM in Feb 2017 as a PhD candidate under the supervision of Stéphane Genin and Alice Guidot. The project emphasizes on the role of epigenetic modifications in a plant pathogen during host adaption and the work is funded by "The TULIP LabEx".

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Nargess Razavi, Thèse Université de Toulouse, école doctorale SEVAB 2017-2020

Nargess

J'ai obtenu mon diplôme d'ingénieur agronome de l'ENSAT (École Nationale Supérieure Agronomique de Toulouse) spécialisation agrobiosciences végétales en 2017. Dans le cadre de ce diplôme j'ai effectué mon stage de fin d'étude dans l'équipe de Stéphane Genin sous l'encadrement de Fabienne vailleau. Mon stage a porté sur l’analyse du mutant hpaP de Ralstonia solanacearum face à la diversité naturelle d’Arabidopsis thaliana. J'ai ensuite continué mes recherches dans le cadre d’une thèse INRA/Région sur le sujet : « Réponses d'Arabidopsis thaliana aux facteurs de virulence de Ralstonia solanacearum via l'étude de la diversité naturelle des deux partenaires », sous la direction de Fabienne Vailleau et Richard Berthomé.

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Léa Casagrande, CDD IE, 2017-2021

Léa

J’ai validé un Master de Biologie moléculaire et Microbiologie à l’Université de Pau en 2017 après avoir effectué mon stage de fin d’études dans le groupe de Stéphane Genin et sous la direction d’Alice Guidot. Lors de ce stage, je me suis intéressée à l’importance des méthyltransférases dans la virulence de Ralstonia solanacearum. En décembre 2017, j’ai été recrutée en tant que CDD IE dans le cadre du projet ANR « EPI-PATH » qui vise à étudier le rôle des variations épigénétiques chez Ralstonia solanacearum dans l’adaptation à l’hôte.

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David Landry, Thèse Université de Toulouse, école doctorale SEVAB 2018-2021

David Landry

J’ai obtenu en 2016 à l’Université de Poitiers un Master spécialisé en Biologie Végétale. Au cours de ce cursus, j’ai réalisé mon stage de fin d’études dans le laboratoire EBI – équipe SEVE à Poitiers afin d’étudier l’implication des transporteurs de sucres dans le cadre d’une interaction tripartite mettant en jeu les partenaires suivants : Arabidopsis thalianaPseudomonas fluorescens WSC417r – Botrytis cinerea. J’ai ensuite été recruté en tant qu’ingénieur d’étude au LIPM. J’ai étudié les domaines « leurres » intégrés dans les protéines R de différentes espèces de plantes afin de démontrer leur interaction putative avec des « cores » effecteurs de Ralstonia solanaceaum. En 2018, j’ai obtenu mon concours de thèse SEVAB ce qui m’a permis de débuter une thèse sous l’encadrement de Nemo PEETERS et Laurent DESLANDES. L’objectif de mes travaux est d’identifier la ou les protéines de résistance qui reconnaissent l’effecteur RipAA délivré par l’agent pathogène Ralstonia solanacearum chez l’espèce modèle de plante Nicotiana benthamiana.

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Léo Gerlin, Thèse Université de Toulouse, école doctorale SEVAB 2018-2021

Leo Gerlin

J’ai obtenu mon diplôme d’ingénieur de l’INSA Toulouse, spécialité Génie Biologique, en 2018. La même année, j’ai effectué mon stage de fin d’étude dans l’équipe de Stéphane Genin, encadré par Caroline Baroukh et Ludovic Cottret. Mon projet a consisté à reconstruire et analyser le réseau métabolique de la bactérie Xylella fastidiosa. Grâce à un financement MESR (Ministère de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche), je réalise depuis octobre 2018 une thèse encadrée par Stéphane Genin et Caroline Baroukh. Dans ce cadre, je vais développer un modèle métabolique de l’interaction Ralstonia solanacearum – tomate.

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Antoine Escourrou, CDD IE, 2018-2020

Antoine Escourrou

Après une licence en biologie des organismes, populations et écosystèmes (BOPE) obtenue en 2013 à l’université Paul Sabatier (Toulouse 3), Antoine s’est rapidement intéressé à la biosynthèse des substances naturelles, ainsi qu’aux méthodes de caractérisation de ces substances naturelles. Après un stage de fin d’études effectué à l’INRA de Bordeaux-Aquitaine où il a dû établir les profils métabolomiques de différentes souches d’un champignon phytopathogène en co-encadrement avec MycSA (Mycologie et sécurité des aliments, UR 1264) et la plateforme métabolome de Bordeaux, c’est donc équipé d’un Master 2 Pro Phytoressources de l’université Claude Bernard (Lyon 1), qu’il a d’abord été embauché en tant qu’ingénieur sur la plateforme de chimie analytique du LABERCA (le laboratoire d’étude des résidus et contaminants dans les aliments, UMR INRA 1329), à Nantes pendant deux ans. Il a ensuite travaillé sur la biodégradation de produits de santé, en tant qu’ingénieur/chargé de recherche pour Pierre Fabre Dermo-Cosmétique dans l’équipe du LBBM (Laboratoire de biodiversité et biotechnologies Microbiennes, USR 3579, Banyuls-sur-Mer), avant d’être embauché en tant qu’ingénieur d’études contractuel dans l’équipe de Stéphane Génin au LIPM sous la direction de Caroline Baroukh.

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