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Par agroécologie, nous entendons une agriculture productive, non minière des ressources naturelles, et mobilisant les leviers des services écosystémiques grâce notamment aux régulations biologiques pour réduire l’utilisation d’intrants de synthèse. Afin de permettre le développement d’une telle agroécologie et de suivre les possibles transitions vers de tels systèmes au niveau des territoires, il est fondamental d’acquérir de nouvelles connaissances sur les processus biophysiques, écologiques et les jeux d’acteurs, et donc globalement sur les agroécosystèmes.

Les agroécosystèmes territoriaux peuvent être vus comme des systèmes complexes adaptatifs pilotés mobilisant un ensemble de ressources naturelles (e.g. biodiversité, eau), de ressources structurelles (e.g. exploitations agricoles, coopératives), de ressources cognitives (e.g. les groupements d’agriculteurs). Ces systèmes sont soumis à de nombreuses incertitudes (e.g. climat, prix) obligeant les acteurs à faire des choix plus ou moins risqués mais surtout à avoir une gestion adaptative de leur système. Ces choix sont également faits dans un système de contraintes plus ou moins définis (e.g. PAC, Loi sur l’eau)